Haški tribunal uskoro zatvara svoja vrata, a preostale presude izreći će Međunarodni rezidualni mehanizam za međunarodne krivične sudove. Da u BiH nije bila riječ o građanskom ratu, već međunarodnom sukobu potvrdio je Hag presudom da je Hrvatska ratovala u BiH, a mnogo toga o učešću Srbije u ratu u BiH će biti jasnije nakon ponovljenog postupka u slučaju “Jovica Stanišić i Franko Simatović”.
Današnjom drugostepenom i pravomoćnom presudom u slučaju Prlić i dr. presuđeno je da je postojao udruženi zločinački poduhvat u kojem je osim nekadašnjih čelnika tzv. Herceg-Bosne učestvovao i državni vrh Hrvatske, na čelu s Franjom Tuđmanom. To je potvrda da je Hrvatska ratovala u BiH i da je kontrolisala određene dijelove preko HB-a. Ukoliko u ponovljenom postupku budu osuđeni i nekadašnji operativci Državne bezbjednosti Srbije Jovica Stanišić i Franko Simatović, bit će to potvrda da su i Hrvatska i Srbija ratovale u BiH u periodu od 1992. do 1995. godine.
Današnjom presudom je utvrđeno da je udruženi zločinački poduhvat (UZP) uključivao dominaciju Hrvata u Herceg-Bosni i da je on bio zajednički cilj čelništva Herceg-Bosne i Republike Hrvatske. Konkretno, Sudsko vijeće je opisalo konačnu svrhu udruženog zločinačkog poduhvata. Sudsko vijeće je zaključilo da je Republika Hrvatska imala stvarnu vlast u nekim općinama na teritoriji samoproglašene Hrvatske republike Herceg-Bosne i da je na tom području vođen međunarodni sukob.
S druge strane, Srbija do sada nije zvanično okrivljena da je direktno ratovala u BiH, već da je odgovorna jer nije spriječila prije svega genocid u Srebrenici. Ipak, ni tu nije kraj. U toku je ponovljeni postupak Simatoviću i Stanišiću, nekadašnjim operativcima Državne bezbjednosti Srbije, a ako budu osuđeni to bi značilo i odgovornost Srbije za rat u BiH, odnosno njenu direktnu umiješanost.
Franko Simatović bivši je načelnik Službe državne bezbjednosti Srbije, dok je Franko Simatović bio zaposlen u Drugoj upravi Državne bezbjednosti MUP-a, a tokom rata u BiH činili su samo državni operativni vrh Srbije.
Franko Simatović i Jovica Stanišić optuženi su da su bili učesnici u udruženom zločinačkom poduhvatu koji je imao za cilj prisilno i trajno uklanjanje većine nesrba s velikih područja u BiH i Hrvatskoj, čineći krivična djela progona, ubistava, deportacija i nehumanih djela. Obojica su se izjasnili da nisu krivi.
Pretresno vijeće izreklo je prvostepenu presudu 2013. godine, oslobodivši ih svih optužbi. Ipak, Žalbeno vijeće je nakon žalbe tužilaštva naložilo da se suđenje ponovi Međunarodnim mehanizmom krivičnog suda. Simatović i Stanišić se trenutno nalaze na slobodi dok traje suđenje.
Sada se nameće jedno novo pitanje u odnosima BiH i Hrvatske, odnosno pitanje pokretanja tužbe protiv Hrvatske, u kojem BiH u određenim segmentima može tražiti odštetu. Da li će do toga doći, ostaje da se vidi.